论文解读--马来西亚石斑鱼养殖场弧菌分布调查


弧菌会侵袭鱼类,虾类和其他水生动物,导致弧菌病,造成严重的经济损失。弧菌广泛分布于海洋和河口环境中,属弧菌科,目前由147种和4个亚种组成。今天给大家分享一篇使用gyrB和pyrH基因分离弧菌的文章,引用信息如下:



分子鉴定
16S rRNA基因已被广泛用作鉴定物种的分子标记。但是,弧菌属16S rRNA难以区分亲缘关系较近的物种。此外,16S rRNA基因的种内(98.8%–100%)和种间(97.6%–99.9%)序列的相似性,以及大量的重叠导致几乎没有区分能力。

管家基因
例如gyrB和pyrH基因,通常用于聚合酶链反应(PCR)和多基因座序列分析(MLSA)中,以确定弧菌属的物种多样性。由于两个基因的种内和种间距离略有重叠,因此与16S rRNA基因相比,gyrB和 pyrH基因具有较高的区分能力。

样品分离
从马来西亚半岛的四个石斑鱼养殖场中分离弧菌。从四个农场的77个样本(64%)中成功分离出147株弧菌,来自北部的24株(16%),来自东部的30株(21%),来自中部的66株(45%),和来自南部农场的27株(18%)。从脾中分离出62株(42%),从肾脏中分离出45株(31%),从肝中分离出40株(27%)。



gyrB和pyrH序列的系统发育分析
对gyrB序列的分析显示,有131个(89%)菌株可以分为六种弧菌。共有63株(43%)被鉴定为哈维氏弧菌,53株(36%)为溶藻弧菌, 8株(5%)为副溶血弧菌, 3株(2%)为塔式弧菌,1株(1%)为创伤弧菌。另外,使用该基因不能区分哈维氏弧菌和轮虫弧菌。

通过分析pyrH序列,可以鉴定所有147株菌株(100%),然后将其分为11个弧菌属菌株。其中3个弧菌属在马来西亚养殖场中为优势种,如创伤弧菌,哈氏弧菌和副溶血性弧菌。共有49株(33%)创伤弧菌。

小结
与gyrB相比,对pyrH比较更适合于弧菌的物种鉴别,因此使用pyrH基因来确定马来西亚半岛鱼类样品中的弧菌物种,证明了pyrH基因可对石斑鱼样本中弧菌的多样性进行可靠的物种鉴定。